當選購二氧化碳培養箱時，有兩種類型的加熱結構可供選購：氣套式加熱和水套式加熱。雖然這兩種加熱系統都是和可靠的，但是它們都有著各自的優點和缺點。

　水套式二氧化碳培養箱：是通過一個獨立的熱水間隔間，包圍內部的箱體來維持溫度恒定的。水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就能更可靠地長久保持培養內溫度準確性和穩定性。（維持溫度恒定的時間是氣套式系統的4-5倍）
　　
　氣套式二氧化碳培養箱：加熱系統是通過箱體內的加熱器直接對箱內氣體進行加熱的。氣套式設計在箱門頻繁開關引起的溫度經常性改變的情況下能夠迅速恢復箱體內的溫度穩定。氣套式具有加熱快，溫度的恢復迅速，特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關的培養。對于使用者來說氣套式設計更簡單化。